削除したファイルの情報が上書きされ、消失してしまった可能性があります。特にフォーマットを行った場合などは、ファイルテーブルの情報が更新されてしまうため、スキャンを行ってもファイルを検出できないことがあります。
また、ファイルシステムに依存する問題として、FAT の場合はドライブの直下に保存されていたファイルは検出できないことがあり、

 

NTFS の場合はサイズが小さなファイルは検出できないことがあります。
このように、スキャンを行っても検出されないファイルの復元を行うことはできません。