データ保存用として使用しているハードディスクの同期はできますか?

同期を行うことができる内蔵ハードディスクは、Windows が起動している(システムドライブが存在する)ハードディスクとなります。

そのため、データだけが保存されているハードディスクは同期元にすることはできません。