コピー先ハードディスクが4Kネイティブ（物理セクタが4096バイトで、OSも4096バイトで認識）のAFTディスクであることが原因です。

HD革命/CopyDrive でハードディスクをコピーする場合、内蔵として直接２台を接続するほかに、外付けUSB接続のハードディスクとして変換するためのケースやケーブルを使用することもできます。
このような機器を使用する際、アドバンスド・フォーマット・テクノロジー（AFT）のハードディスクで１セクターのバイト数が4K（4096）バイトとして認識されてしまうことがあります。

HD革命/CopyDrive では、１セクターのバイト数が4K として認識されるハードディスクにコピーを行う場合は、次のメッセージが表示されコピーできませんので、512 バイトとして認識される別の機器に交換してコピーを行ってください。なお、お使いのハードディスクにおける１セクターのバイト数の数値は、「ドライブ情報の取得」で確認できます。